Das gegenwärtige Programm der KW unter der Leitung der Direktorin Emma Enderby entwickelt sich stets aus dem Anliegen heraus, von den beteiligten Künstler*innen, deren Themen und Arbeitsweisen auszugehen und über politische und gesellschaftliche Fragestellungen zu reflektieren. Dabei wird die Institution als sozialer Raum begriffen, der Reflexion und den Austausch zwischen unterschiedlichen Akteur*innen und Kulturen ermöglicht und seine Besucher*innen stets aufs Neue herausfordert. Der Gebäudekomplex der KW enthält neben den Ausstellungsetagen auch Wohnungen, Büro- und Veranstaltungsräume sowie das von Dan Graham 1999 entworfene Café Bravo im Innenhof.

Neben einem international renommierten Ausstellungsprogramm kooperierten die KW regelmäßig mit nationalen und internationalen Partnern wie dem MoMA PS1 in New York, der Biennale di Venezia oder der Documenta in Kassel.

Die KW Institute for Contemporary Art werden institutionell gefördert durch die Senatsverwaltung für Kultur und Gesellschaftlichen Zusammenhalt. Das Programm der KW wird unterstützt durch den KW Freunde e. V.

Nach Klärung ausstehender Restitutionsansprüche wurden das denkmalgeschützte Vorderhaus aus der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts und die Fabrikanlage aus der Gründerzeit 1995 durch die Stiftung Deutsche Klassenlotterie Berlin erworben und dem Trägerverein KUNST-WERKE BERLIN e. V. für die kulturelle Nutzung zur Verfügung gestellt.

Dank der Unterstützung durch den städtebaulichen Denkmalschutz, der Stiftung Denkmalschutz und der Stiftung Deutsche Klassenlotterie Berlin konnte der KUNST-WERKE BERLIN e. V. die Immobilie sanieren und durch zwei Neubauten erweitern: Das Café Bravo wurde von dem amerikanischen Künstler Dan Graham konzipiert und in Kooperation mit der Architektin Johanne Nalbach realisiert; der Berliner Architekt Hans Düttmann hat das Quergebäude um eine 400 Quadratmeter große Ausstellungshalle erweitert. Seit der Wiedereröffnung im Herbst 1999 stehen den KW mehrere Büro- und Atelierräume in den Seitenflügeln, einer der schönsten Innenhöfe in Berlin-Mitte und eine Ausstellungsfläche von 2.000 Quadratmetern über fünf Etagen zur Verfügung, die fortlaufend von den KW und seit 1998 ebenso alle zwei Jahre von der Berlin Biennale für zeitgenössische Kunst genutzt werden.

Gegründet durch eine private Initiative im Jahr 1996, erhält die Berlin Biennale seit 2004 eine gesonderte Finanzierung als „kulturelle Spitzeneinrichtung“ durch die Kulturstiftung des Bundes. Seit 2004 fungiert der KUNST-WERKE BERLIN e. V. auch als Trägerverein der Berlin Biennale.

2016 wurde eine Neustrukturierung des KUNST-WERKE BERLIN e. V. mit zwei gleichwertigen Geschäftsbereichen beschlossen: KW Institute for Contemporary Art und Berlin Biennale für zeitgenössische Kunst. Gabriele Horn – Nachfolgerin von Gründungsdirektor Klaus Biesenbach und seit 2004 Direktorin beider Institutionen – blieb Direktorin der Berlin Biennale, während Krist Gruijthuijsen im Juli 2016 zum neuen Direktor der KW Institute for Contemporary Art ernannt wurde. Im Mai 2024 wurde Emma Enderby die neue Direktorin der KW Institute for Contemporary Art.  

Seit ihrer Gründung widmen sich die KW durch die Produktion, Präsentation und Vermittlung zeitgenössischer Kunst zentralen Fragen unserer Gegenwart, indem sie aktuelle gesellschaftliche Veränderungsprozesse kritisch untersuchen. Mit Ausstellungen, Auftragsarbeiten und vielfältigen Veranstaltungsformaten greifen die KW stets aktuelle Tendenzen aus dem nationalen und internationalen zeitgenössischen Kunst- und Kulturdiskurs auf und entwickeln diese in Zusammenarbeit mit Künstler*innen sowie anderen Institutionen aktiv weiter.

Über die Jahre wurden viele herausragende Künstler*innen durch erste Einzelausstellungen und mit wichtigen neuen Arbeiten in den KW präsentiert, so unter anderem Absalon, Kader Attia, Kate Cooper, Keren Cytter, Anna Daučíková, Ceal Floyer, Cyprien Gaillard, Beatriz González, Sidsel Meineche Hansen, Judith Hopf, Channa Horwitz, Lynn Hershman Leeson, Hanne Lippard, Renata Lucas, Hiwa K, Annette Kelm, Adam Pendleton, Mika Rottenberg, Christoph Schlingensief, Hassan Sharif, Wael Shawky, Santiago Sierra, Ryan Trecartin and Lizzie Fitch und Ian Wilson.

Themen- und Gruppenausstellungen wie 37 Räume (1992), when tekkno turns to sound of poetry (1995), Stand der Dinge (2000), Territories (2003), Zur Vorstellung des Terrors: Die RAF-Ausstellung (2005), Into Me / Out of Me (2006), History Will Repeat Itself. Strategien des Reenactment in der zeitgenössischen Kunst (2007), Seeing Is Believing (2011), ONE ON ONE (2012/13), Fire and Forget. On Violence (2015) oder The Making of Husbands: Christina Ramberg in Dialogue (2019/2020) haben das Profil der KW stark geprägt und den internationalen Kunstdiskurs fortwährend beeinflusst.

Zum künstlerischen Team von Emma Enderby gehören Sofie Krogh Christensen als assoziierte Kuratorin, Léon Kruijswijk als Kurator, Linda Franken als Assistenzkuratorin, Lara Scherrieble als Kuratorische Assistenz, Nikolas Brummer als Live Programmer sowie Marc Hollenstein als Grafikdesigner. Darüber hinaus waren Anna Gritz (2016–2022) als Kuratorin, Maurin Dietrich als Assistenzkuratorin (2016–2019), Cathrin Mayer als Assistenzkuratorin (2016–2020) und Kuratorin in Elternzeitvertretung (2019), Tirdad Zolghadr (2016–2020), Clementine Deliss und Mason Leaver-Yap als assoziierte Kurator*innen, sowie Nadim Samman als Kurator für den digitalen RaumTeil des künstlerischen Teams.

Zu den früheren Chefkurator*innen gehören Anselm Franke (2001–2006), Susanne Pfeffer (2007–2012) und Ellen Blumenstein (2013–2016). Zudem wurden regelmäßig international renommierte Gastkurator*innen eingeladen, in den KW Ausstellungsvorhaben zu realisieren.